شبیه سازی مولکولی

نرم افزار HADDOCK

بعنوان یک روش داک کردن مبتنی بر اطلاعات مدل‌های پیچیده بیومولکول می‌باشد. HADDOCK اطلاعاتش را بر اساس نواحی وجه به وجه پروتئین- پروتئین (interface Protein_Protein) و اندرکنش‌های مبهم پیش می‌برد، که در آن فعالیت خود را براساس تعریف آمینو اسید‌های فعال و غیر فعال در اتصال کامل می‌نمایدو نرم افزار HADDOCK به طور اتوماتیکی حالت …

نرم افزار HADDOCK ادامه »

نرم افزار Hyperchem 7

ساختار سه بعدی پایدارترین پپتید‌ها با نرم افزار Hyperchem 7 ( شرکت Hypercube) پیشگویی می‌شوند. در این نرم افزار ساختار‌های حاصل با استفاده از روش دینامیک مولکولی از لحاظ انرژی بهینه شدند تا به بهترین ساختار ممکن برسند

آموزش فارسی PyMOL

PyMol یک نرم افزار کامپیوتری برای نمایش سیستم‌های مولکولی می‌باشد که توسط Warren Lyford DeLano ایجاد شده است. این نرم افزار ، متن باز Open source می‌باشد و تحت لاینسس پایتون تولید می‌شود. اولین بار توسط شرکت خصوصی تولید نرم افزار Delano به بازار عرضه شد. هدف اولیه ارائه ابزاری مفید برای جامعه علمی‌و دانشگاهی …

آموزش فارسی PyMOL ادامه »

آموزش فارسی Desmond

Desmond : شبیه ساز دینامیک مولکولی راندمان بالا  سیستم‌های تغلیظ شده فاز در اصل دینامیک هستند، لذا آنالیز حرکت‌های آنها در سطح مولکولی و اتمی‌برای فهم خصوصیات physicochemical بسیار مهم هستند. در طول چند دهه، علاقه بسیار زیادی در مدلسازی سیستم‌های مختلف دینامیکی در علم زندگی و علم مواد وجود داشته است. این سیستم‌ها شامل …

آموزش فارسی Desmond ادامه »

آموزش فارسی Maestro

محیط مدلسازی مولکولی همه کاربرده Maestro نرم افزاری است که همه تکنولوژی‌های محاسباتی Schrödinger را شامل می‌شود. این نرم افزار تنها یک پنجره کاربری نمی‌باشد بلکه به محققین کمک می‌کند تا داده‌ها را سازماندهی و آنالیز کنند. در نسخه جدیدعملیات مورد نظر کاربر را پیش بینی کرده و کارهای عمومی‌ساده سازی شده و داه‌ها در …

آموزش فارسی Maestro ادامه »

آموزش docking دستی با Chimera

Docking یک ترم است که تعداد زیادی از الگوریتم‌های پیچیده را شامل می‌شود که مکان یابی مناسب لیگاندهای rigid و flexible در binding site گیرنده را پیدا می‌کند. لیگاندها اغلب یک مولکول کوچک هستند ; الگوریتم‌های داکینگ peptide-protein و protein-protein اکنون یکی از موضوعات داغ تحقیقات می‌باشد. الگوریتم‌های docking یک نمره یا امتیاز به مولکولها …

آموزش docking دستی با Chimera ادامه »

آموزش نرم افزارهای Marvin Sketch autodock vina

سرفصل بخش‌ها : بخش 1 : ایجاد فایل mol با نرم افزار Marvin Sketch بخش 2 : ایجاد فایل mol برای docking بخش 3 : نصب autodock vina بخش 4 : Docking با Chimera vina بخش 5 : Docking با vina بدون پنجره بخش 6 : نصب autodocktools لینوکس Ubuntu بخش 7 : Docking منعطف …

آموزش نرم افزارهای Marvin Sketch autodock vina ادامه »