بایگانی‌های شبیه سازی مولکولی - ايران متلب https://matlab1.ir/category/شبیه-سازی-مولکولی/ مرجع فیلم های آموزشی فارسی دانشگاهی و مهندسی Tue, 19 Mar 2019 04:48:00 +0000 fa-IR hourly 1 https://matlab1.ir/wp-content/uploads/2017/08/ref_a2-150x150.png بایگانی‌های شبیه سازی مولکولی - ايران متلب https://matlab1.ir/category/شبیه-سازی-مولکولی/ 32 32 نرم افزار HADDOCK https://matlab1.ir/%d9%86%d8%b1%d9%85-%d8%a7%d9%81%d8%b2%d8%a7%d8%b1-haddock/ https://matlab1.ir/%d9%86%d8%b1%d9%85-%d8%a7%d9%81%d8%b2%d8%a7%d8%b1-haddock/#respond Sat, 01 Jul 2017 12:06:16 +0000 http://am19.siteground.biz/~matlab18/matlab1.ir/?p=8678 بعنوان یک روش داک کردن مبتنی بر اطلاعات مدل های پیچیده بیومولکول می باشد. HADDOCK اطلاعاتش را بر اساس نواحی وجه به وجه پروتئین- پروتئین (interface Protein_Protein) و اندرکنش های مبهم پیش می برد، که در آن فعالیت خود را براساس تعریف آمینو اسید های فعال و غیر فعال در اتصال کامل می نمایدو نرم […]

نوشته نرم افزار HADDOCK اولین بار در ايران متلب. پدیدار شد.

]]> بعنوان یک روش داک کردن مبتنی بر اطلاعات مدل های پیچیده بیومولکول می باشد. HADDOCK اطلاعاتش را بر اساس نواحی وجه به وجه پروتئین- پروتئین (interface Protein_Protein) و اندرکنش های مبهم پیش می برد، که در آن فعالیت خود را براساس تعریف آمینو اسید های فعال و غیر فعال در اتصال کامل می نمایدو نرم افزار HADDOCK به طور اتوماتیکی حالت توپولوژیک پروتئینهای داده شده برای داک کردن را ایجاد می کند . که پروتکل برهم کنش شامل سه مرحله می باشد :

1.بهینه سازی انرژی ساختار اسکلتی rigid-body energy minimization و

2.تغییرات دوباره در حالت نیمه انعطاف پذیر در فضاهای بین زوایای

Torsion semi flexible refinement in torsion angle space

3 . تغییرات نهایی در محلول اطرافش است final refinement in explicit solvent و بعد از این مراحل ساختارها رده بندی می شوند و بهترین ساختار در کلاستر اول طبقه بندی می شود.

نوشته نرم افزار HADDOCK اولین بار در ايران متلب. پدیدار شد.

]]> https://matlab1.ir/%d9%86%d8%b1%d9%85-%d8%a7%d9%81%d8%b2%d8%a7%d8%b1-haddock/feed/ 0 نرم افزار Hyperchem 7 https://matlab1.ir/%d9%86%d8%b1%d9%85-%d8%a7%d9%81%d8%b2%d8%a7%d8%b1-hyperchem-7/ https://matlab1.ir/%d9%86%d8%b1%d9%85-%d8%a7%d9%81%d8%b2%d8%a7%d8%b1-hyperchem-7/#comments Sat, 01 Jul 2017 12:03:28 +0000 http://am19.siteground.biz/~matlab18/matlab1.ir/?p=8676 ساختار سه بعدی پایدارترین پپتید ها با نرم افزار Hyperchem 7 ( شرکت Hypercube) پیشگویی می شوند. در این نرم افزار ساختار های حاصل با استفاده از روش دینامیک مولکولی از لحاظ انرژی بهینه شدند تا به بهترین ساختار ممکن برسند

نوشته نرم افزار Hyperchem 7 اولین بار در ايران متلب. پدیدار شد.

]]> ساختار سه بعدی پایدارترین پپتید ها با نرم افزار Hyperchem 7 ( شرکت Hypercube) پیشگویی می شوند. در این نرم افزار ساختار های حاصل با استفاده از روش دینامیک مولکولی از لحاظ انرژی بهینه شدند تا به بهترین ساختار ممکن برسند

نوشته نرم افزار Hyperchem 7 اولین بار در ايران متلب. پدیدار شد.

]]> https://matlab1.ir/%d9%86%d8%b1%d9%85-%d8%a7%d9%81%d8%b2%d8%a7%d8%b1-hyperchem-7/feed/ 1 آموزش فارسی PyMOL https://matlab1.ir/%d8%a2%d9%85%d9%88%d8%b2%d8%b4-%d9%81%d8%a7%d8%b1%d8%b3%db%8c-pymol/ https://matlab1.ir/%d8%a2%d9%85%d9%88%d8%b2%d8%b4-%d9%81%d8%a7%d8%b1%d8%b3%db%8c-pymol/#respond Wed, 24 May 2017 14:16:12 +0000 http://am19.siteground.biz/~matlab18/matlab1.ir/?p=5320 PyMol یک نرم افزار کامپیوتری برای نمایش سیستم های مولکولی می باشد که توسط Warren Lyford DeLano ایجاد شده است. این نرم افزار ، متن باز Open source می باشد و تحت لاینسس پایتون تولید می شود. اولین بار توسط شرکت خصوصی تولید نرم افزار Delano به بازار عرضه شد. هدف اولیه ارائه ابزاری مفید […]

نوشته آموزش فارسی PyMOL اولین بار در ايران متلب. پدیدار شد.

]]> PyMol یک نرم افزار کامپیوتری برای نمایش سیستم های مولکولی می باشد که توسط Warren Lyford DeLano ایجاد شده است.
این نرم افزار ، متن باز Open source می باشد و تحت لاینسس پایتون تولید می شود.
اولین بار توسط شرکت خصوصی تولید نرم افزار Delano به بازار عرضه شد. هدف اولیه ارائه ابزاری مفید برای جامعه علمی و دانشگاهی بود. اکنون زیر نظر Schrödinger عرضه می شود.
PyMOL میتواند تصاوی سه بعدی بسیار با کیفیت از مولکولهای کوچک و ماکرومولکول بیولوژی مانند پروتئین تولید کند. بر طبق مقاله مولف اصلی ، یک چهارم مقالات حاوس تصویر سع بعدی پروتئین از PyMOL استفاده کرده اند.

PyMOL یکی از چندین ابزار مشاهده مدل موجود در بیولوژی ساختاری می باشد که متن باز است. قسمت Py نام این نرم افزار اشاره به زبان پایتون python دارد. زیرا این نرم افزار با زبان برنامه نویسی پایتون نوده شده است.
PyMOL از کتابخانه OpenGL Extension Wrangler و FreeGLUT می تواند معادلات بولترمن-پایسون و FreeGLUT با حل کننده بولترمن پایسون وفقی حل کند.
PyMol از Tk ابزارهای GUI استفاده می کند. باینری های Aqua خنثی برای macOS از سایت Schrödinger قابل دریافت است.

 

پیشرو صنعت در نمایش سه بعدی مولکولی

تعداد بسیار زیادی از دانشمندان در سراسر دنیا نرم افزار PyMOL را برای مشاهده و تقسیم و آنالیز داده های مولکولی استفاده می کنند. این نرم افزار بسیار سبک و سریع می باشد و قابلیت ایجاد تصاویر با کیفیتی را دارا می باشد.

 

ایجاد تصاویر 3 بعدی و فیلم به سادگی

کارهای نمایش پیچیده که قبلا نیاز به دانش تخصصی داشت اکنون تنها با چند کلیک ماوس انجام می شود. کابران همچنین می توانند به سادگی فیلم هایی از فضای مولکولی ایجاد کنند و در عمق ساختار پروتئین حرکت کنند و انمیشین های جذاب و کاربردی ایجاد کنند.

 

 

لینک دانلود

 

سرفصل :

معرفی عنوان های فیلم آموزشی
منابع آموزشی نرم افزار PyMOL
دسترسی به source code
معرفی wiki pymol
معرفی گزینه های پنجره دستور نویسی
معرفی پنجره PyMOL Viewer
پسوند های پشتیبانی شده در PyMOL
انتخاب کردن و غیر فعال کردن
تغییر رنگ : C
دلیل استفاده از تمایز رنگ ها
برچسب زنی : labeling : L
مشخص کردن chain
مخفی کردن : Hide : H
گزینه Hide nonbonded
Hide every things
گزینه نمایش : Show
نمایش cartoon
گزینه عملیات : Action
وظیفه هر دکمه ماوس
کار دکمه چپ ماوس
کار دکمه وسط ماوس
کار دکمه سمت راست ماوس
چرخاندن مولکول
Translate مولکول
چرخاندن به هر طرفی با ماوس
گزینه Virtual track ball
مشخص کردن نقطه zoom
ناحیه نمایش وظایف هر دکمه ماوس و صفحه کلید
کار Shift و دکمه های ماوس
کار Ctrl و دکمه های ماوس
کار Ctrl+Shift و دکمه های ماوس
کار double click
انتخاب یک residue
انتخاب chain
انتخاب atom
انتخاب molecule
خارج کردن از انتخاب
تغییر مشخصه های یک selection
تغییر نام یک selection
پاک کردن selection
معرفی scene
ساخت scene
فعال کردن sequence viewer
انتخاب organic atoms
سوئیچ کردن بین scene
مشخص کرد نام برای scene
Action preset
Backbone rendering
Ligand site
Preset publication
Show surface
نمایش surface برای binding site
Selection با شرایط خاص
انتخاب اتم های با قطر بیشتر از 20 انگستروم
تغییر رنگ بر اساس secondary structure
گرینه helix sheet loop
تغییر رنگ binding site
تغییر رنگ surface
تغییر شفافیت transparency مولکول
Pymol session file
ذخیره کردن به صورت تصویر
استفاده در مقالات یا ارائه PowerPoint
ذخیره با پسوند png
افزایش کیفیت تصویر
تغییر اندازه نمایش ساختار
کدنویسی در PyMOL
آوردن راهنمای یک دستور
دستور ray
ذخیره تصویر با کدنویسی
دستور png
تغییر رنگ back ground
تغییر شفافیت background
تغییر gradient پشت صفحه
کار با تنظیمات setting کلی pymol
گزینه filter
توضیح هر گزینه setting
دستور set
قرار دادن یک تصویر دلخواه به عنوان background
تنظیم سایه shadow
حذف سایه
تغییر جهت تابش نور
تغییر mode ماوس
ساخت تصویر دینامیک
حذف گزینه های کنترلی در تصویر دینامیک
ساخت انیمشین یا movie فیلم
Scene loop
ذخیره فیلم
مشخص کردن کیفیت فیلم
گزینه Ray Trace Frame
ساخت فیلم اتوماتیک
ساخت فیلم به طور دستی
مشخص کردن طول فیلم
گزینه store with scene
نصب plugin
دستور fetch
گزینه PDB Load service
گزینه align
نمودار morph
State loop
فایلهای dynamic trajectory
دستور load_traj
دستور intra_fit
دستور smooth
ابزارهای اندازه گیری measurement

 

تصاویری از این نرم افزار :



 

پیش نمایش 1 :


لینک آپارات
لینک یوتیوب

 

پیش نمایش 2 :


لینک آپارات
لینک یوتیوب

 

پیش نمایش 3 :


لینک آپارات
لینک یوتیوب

نوشته آموزش فارسی PyMOL اولین بار در ايران متلب. پدیدار شد.

]]> https://matlab1.ir/%d8%a2%d9%85%d9%88%d8%b2%d8%b4-%d9%81%d8%a7%d8%b1%d8%b3%db%8c-pymol/feed/ 0 آموزش فارسی Desmond https://matlab1.ir/%d8%a2%d9%85%d9%88%d8%b2%d8%b4-%d9%81%d8%a7%d8%b1%d8%b3%db%8c-desmond/ https://matlab1.ir/%d8%a2%d9%85%d9%88%d8%b2%d8%b4-%d9%81%d8%a7%d8%b1%d8%b3%db%8c-desmond/#comments Wed, 24 May 2017 14:14:01 +0000 http://am19.siteground.biz/~matlab18/matlab1.ir/?p=5316 Desmond : شبیه ساز دینامیک مولکولی راندمان بالا  سیستم های تغلیظ شده فاز در اصل دینامیک هستند، لذا آنالیز حرکت های آنها در سطح مولکولی و اتمی برای فهم خصوصیات physicochemical بسیار مهم هستند. در طول چند دهه، علاقه بسیار زیادی در مدلسازی سیستم های مختلف دینامیکی در علم زندگی و علم مواد وجود داشته […]

نوشته آموزش فارسی Desmond اولین بار در ايران متلب. پدیدار شد.

]]> Desmond : شبیه ساز دینامیک مولکولی راندمان بالا 

سیستم های تغلیظ شده فاز در اصل دینامیک هستند، لذا آنالیز حرکت های آنها در سطح مولکولی و اتمی برای فهم خصوصیات physicochemical بسیار مهم هستند.

در طول چند دهه، علاقه بسیار زیادی در مدلسازی سیستم های مختلف دینامیکی در علم زندگی و علم مواد وجود داشته است. این سیستم ها شامل مجتمع پروتئین لیگاند و مولکول های کوچک در حلالهای ترکیبی و مواد جامد ارگانیک و مجتمع ماکرومولکولی مصنوعی می باشند.

دینامیک مولکولی (MD) به عنوان یک ابزار محاسباتی پایه برای استخراج رویدادهای پویا از دید عملی در همه کاربردها شناخته می شود.

اخیرا روشهای استاتیک ساختار مبنا، مانند docking و نمایش مجازی ، در کشف دارو بسیار مهم شده اند. دینامیک مولکولی هنگامی که با ابزارهای محاسباتی دیگر کوپل شود، باعث می شود بسیاری از مشکلات کشف داروهای جدید برطرف شود.

آماده سازی غشای پروتئین برای شبیه سازی MD
آماده سازی پروتئین برای شبیه سازی MD
نمایش مسیر حرکت MD و ایجاد یک فیلم
آنالیز مسیر حرکت MD با دیاگرام شبیه سازی تعاملی
بارگذاری داده
PL-RMSD
P-RMSF
L-RMSF
PL-Contacts
LP-Contacts
L-Torsions
تولید گزارش

لینک دانلود

پیش نمایش 1 :


لینک آپارات
لینک یوتیوب

پیش نمایش 2 :


لینک آپارات
لینک یوتیوب

نوشته آموزش فارسی Desmond اولین بار در ايران متلب. پدیدار شد.

]]> https://matlab1.ir/%d8%a2%d9%85%d9%88%d8%b2%d8%b4-%d9%81%d8%a7%d8%b1%d8%b3%db%8c-desmond/feed/ 2 آموزش فارسی Maestro https://matlab1.ir/%d8%a2%d9%85%d9%88%d8%b2%d8%b4-%d9%81%d8%a7%d8%b1%d8%b3%db%8c-maestro/ https://matlab1.ir/%d8%a2%d9%85%d9%88%d8%b2%d8%b4-%d9%81%d8%a7%d8%b1%d8%b3%db%8c-maestro/#comments Wed, 24 May 2017 14:11:17 +0000 http://am19.siteground.biz/~matlab18/matlab1.ir/?p=5313 محیط مدلسازی مولکولی همه کاربرده Maestro نرم افزاری است که همه تکنولوژی های محاسباتی Schrödinger را شامل می شود. این نرم افزار تنها یک پنجره کاربری نمی باشد بلکه به محققین کمک می کند تا داده ها را سازماندهی و آنالیز کنند. در نسخه جدیدعملیات مورد نظر کاربر را پیش بینی کرده و کارهای عمومی […]

نوشته آموزش فارسی Maestro اولین بار در ايران متلب. پدیدار شد.

]]> محیط مدلسازی مولکولی همه کاربرده
Maestro نرم افزاری است که همه تکنولوژی های محاسباتی Schrödinger را شامل می شود. این نرم افزار تنها یک پنجره کاربری نمی باشد بلکه به محققین کمک می کند تا داده ها را سازماندهی و آنالیز کنند.

در نسخه جدیدعملیات مورد نظر کاربر را پیش بینی کرده و کارهای عمومی ساده سازی شده و داه ها در یک مد هوشمند سازماندهی شده اند.

Maestro تعداد بسیار زیادی از فرمت های فایل عمومی را به عنوان ورودی پشتیبانی می کند. همچنین کاربر می تواند با ابزارهای این نرم افزار هر نوع مدل مولکولی ساختاری را بسازد.

Maestro به کاربر توانایی تغییر دستی گزینه ها را متناسب با کاربردهای مختلف (سیستم های بیومولکولی تا مواد پیچیده) می دهد.

Maestro به کاربر این توانایی را می دهد که سیستم های مولکولی پیچیده را به صورت سه بعدی نمایش دهد.

Maestro شامل ابزارهای اندازه گیری متنوعی است که به کاربر این قابلیت را می دهد تا ویژگیهای ساختاری مولکول را با دقت بالایی تعیین کند. ابزارهای Superimposition مقایسه بین ساختارها را هم ممکن می سازد.

Maestro همچنین به کاربر امکان کدنویسی را هم می دهد. زبان برنامه نویسی که پشتیبانی می کند ، زبان پایتون استاندارد-صنعتی می باشد.

خصوصیات محاسبه شده مانند مدهای لغزشی، اوربیتال مولکولی یا دانسیته الکترون را به سادگی میتوان در Maestro نمایش داد.

Maestro در لینوکس و ویندوز و مکینتاش اجرا می شود.

لینک دانلود

نوشته آموزش فارسی Maestro اولین بار در ايران متلب. پدیدار شد.

]]> https://matlab1.ir/%d8%a2%d9%85%d9%88%d8%b2%d8%b4-%d9%81%d8%a7%d8%b1%d8%b3%db%8c-maestro/feed/ 1 آموزش docking دستی با Chimera https://matlab1.ir/%d8%a2%d9%85%d9%88%d8%b2%d8%b4-docking-%d8%af%d8%b3%d8%aa%db%8c-%d8%a8%d8%a7-chimera/ https://matlab1.ir/%d8%a2%d9%85%d9%88%d8%b2%d8%b4-docking-%d8%af%d8%b3%d8%aa%db%8c-%d8%a8%d8%a7-chimera/#respond Wed, 24 May 2017 14:09:06 +0000 http://am19.siteground.biz/~matlab18/matlab1.ir/?p=5310 Docking یک ترم است که تعداد زیادی از الگوریتم های پیچیده را شامل می شود که مکان یابی مناسب لیگاندهای rigid و flexible در binding site گیرنده را پیدا می کند. لیگاندها اغلب یک مولکول کوچک هستند ; الگوریتم های داکینگ peptide-protein و protein-protein اکنون یکی از موضوعات داغ تحقیقات می باشد. الگوریتم های docking […]

نوشته آموزش docking دستی با Chimera اولین بار در ايران متلب. پدیدار شد.

]]> Docking یک ترم است که تعداد زیادی از الگوریتم های پیچیده را شامل می شود که مکان یابی مناسب لیگاندهای rigid و flexible در binding site گیرنده را پیدا می کند.
لیگاندها اغلب یک مولکول کوچک هستند ; الگوریتم های داکینگ peptide-protein و protein-protein اکنون یکی از موضوعات داغ تحقیقات می باشد.
الگوریتم های docking یک نمره یا امتیاز به مولکولها می دهند تا بین مولکولهایی که جانمایی آنها مناسب باشد و مولکولهایی که جانمایی مناسبی ندارند، برای کاربر تمایز ایجاد شود.
در حالت واقعی، محاسبات docking نیاز به آماده سازی دقیق گیرنده و ساختار لیگاند دارد. این آماده سازی با نرم افزارهایی مانند Chimera بسیار ساده شده است. این نرم افزار بسیار قدرتمند و دارای منوهای مختلف می باشد و همچنین توانایی آنالیز نتایج نهایی docking را هم دارد.

لینک دانلود

نوشته آموزش docking دستی با Chimera اولین بار در ايران متلب. پدیدار شد.

]]> https://matlab1.ir/%d8%a2%d9%85%d9%88%d8%b2%d8%b4-docking-%d8%af%d8%b3%d8%aa%db%8c-%d8%a8%d8%a7-chimera/feed/ 0 آموزش نرم افزارهای Marvin Sketch autodock vina https://matlab1.ir/%d8%a2%d9%85%d9%88%d8%b2%d8%b4-%d9%86%d8%b1%d9%85-%d8%a7%d9%81%d8%b2%d8%a7%d8%b1%d9%87%d8%a7%db%8c-marvin-sketch-autodock-vina/ https://matlab1.ir/%d8%a2%d9%85%d9%88%d8%b2%d8%b4-%d9%86%d8%b1%d9%85-%d8%a7%d9%81%d8%b2%d8%a7%d8%b1%d9%87%d8%a7%db%8c-marvin-sketch-autodock-vina/#respond Wed, 24 May 2017 14:07:11 +0000 http://am19.siteground.biz/~matlab18/matlab1.ir/?p=5307 سرفصل بخش ها : بخش 1 : ایجاد فایل mol با نرم افزار Marvin Sketch بخش 2 : ایجاد فایل mol برای docking بخش 3 : نصب autodock vina بخش 4 : Docking با Chimera vina بخش 5 : Docking با vina بدون پنجره بخش 6 : نصب autodocktools لینوکس Ubuntu بخش 7 : Docking […]

نوشته آموزش نرم افزارهای Marvin Sketch autodock vina اولین بار در ايران متلب. پدیدار شد.

]]> سرفصل بخش ها :
بخش 1 : ایجاد فایل mol با نرم افزار Marvin Sketch
بخش 2 : ایجاد فایل mol برای docking
بخش 3 : نصب autodock vina
بخش 4 : Docking با Chimera vina
بخش 5 : Docking با vina بدون پنجره
بخش 6 : نصب autodocktools لینوکس Ubuntu
بخش 7 : Docking منعطف با autodocktools vina

 

لینک دانلود

نوشته آموزش نرم افزارهای Marvin Sketch autodock vina اولین بار در ايران متلب. پدیدار شد.

]]> https://matlab1.ir/%d8%a2%d9%85%d9%88%d8%b2%d8%b4-%d9%86%d8%b1%d9%85-%d8%a7%d9%81%d8%b2%d8%a7%d8%b1%d9%87%d8%a7%db%8c-marvin-sketch-autodock-vina/feed/ 0