بعنوان یک روش داک کردن مبتنی بر اطلاعات مدل های پیچیده بیومولکول می باشد. HADDOCK اطلاعاتش را بر اساس نواحی وجه به وجه پروتئین- پروتئین (interface Protein_Protein) و اندرکنش های مبهم پیش می برد، که در آن فعالیت خود را براساس تعریف آمینو اسید های فعال و غیر فعال در اتصال کامل می نمایدو نرم […]
ساختار سه بعدی پایدارترین پپتید ها با نرم افزار Hyperchem 7 ( شرکت Hypercube) پیشگویی می شوند. در این نرم افزار ساختار های حاصل با استفاده از روش دینامیک مولکولی از لحاظ انرژی بهینه شدند تا به بهترین ساختار ممکن برسند
PyMol یک نرم افزار کامپیوتری برای نمایش سیستم های مولکولی می باشد که توسط Warren Lyford DeLano ایجاد شده است. این نرم افزار ، متن باز Open source می باشد و تحت لاینسس پایتون تولید می شود. اولین بار توسط شرکت خصوصی تولید نرم افزار Delano به بازار عرضه شد. هدف اولیه ارائه ابزاری مفید
Desmond : شبیه ساز دینامیک مولکولی راندمان بالا سیستم های تغلیظ شده فاز در اصل دینامیک هستند، لذا آنالیز حرکت های آنها در سطح مولکولی و اتمی برای فهم خصوصیات physicochemical بسیار مهم هستند. در طول چند دهه، علاقه بسیار زیادی در مدلسازی سیستم های مختلف دینامیکی در علم زندگی و علم مواد وجود داشته
محیط مدلسازی مولکولی همه کاربرده Maestro نرم افزاری است که همه تکنولوژی های محاسباتی Schrödinger را شامل می شود. این نرم افزار تنها یک پنجره کاربری نمی باشد بلکه به محققین کمک می کند تا داده ها را سازماندهی و آنالیز کنند. در نسخه جدیدعملیات مورد نظر کاربر را پیش بینی کرده و کارهای عمومی
Docking یک ترم است که تعداد زیادی از الگوریتم های پیچیده را شامل می شود که مکان یابی مناسب لیگاندهای rigid و flexible در binding site گیرنده را پیدا می کند. لیگاندها اغلب یک مولکول کوچک هستند ; الگوریتم های داکینگ peptide-protein و protein-protein اکنون یکی از موضوعات داغ تحقیقات می باشد. الگوریتم های docking
سرفصل بخش ها : بخش 1 : ایجاد فایل mol با نرم افزار Marvin Sketch بخش 2 : ایجاد فایل mol برای docking بخش 3 : نصب autodock vina بخش 4 : Docking با Chimera vina بخش 5 : Docking با vina بدون پنجره بخش 6 : نصب autodocktools لینوکس Ubuntu بخش 7 : Docking
آموزش نرم افزارهای Marvin Sketch autodock vina بیشتر بخوانید »