PyMol یک نرم افزار کامپیوتری برای نمایش سیستم های مولکولی می باشد که توسط Warren Lyford DeLano ایجاد شده است.
این نرم افزار ، متن باز Open source می باشد و تحت لاینسس پایتون تولید می شود.
اولین بار توسط شرکت خصوصی تولید نرم افزار Delano به بازار عرضه شد. هدف اولیه ارائه ابزاری مفید برای جامعه علمی و دانشگاهی بود. اکنون زیر نظر Schrödinger عرضه می شود.
PyMOL میتواند تصاوی سه بعدی بسیار با کیفیت از مولکولهای کوچک و ماکرومولکول بیولوژی مانند پروتئین تولید کند. بر طبق مقاله مولف اصلی ، یک چهارم مقالات حاوس تصویر سع بعدی پروتئین از PyMOL استفاده کرده اند.
PyMOL یکی از چندین ابزار مشاهده مدل موجود در بیولوژی ساختاری می باشد که متن باز است. قسمت Py نام این نرم افزار اشاره به زبان پایتون python دارد. زیرا این نرم افزار با زبان برنامه نویسی پایتون نوده شده است.
PyMOL از کتابخانه OpenGL Extension Wrangler و FreeGLUT می تواند معادلات بولترمن-پایسون و FreeGLUT با حل کننده بولترمن پایسون وفقی حل کند.
PyMol از Tk ابزارهای GUI استفاده می کند. باینری های Aqua خنثی برای macOS از سایت Schrödinger قابل دریافت است.
پیشرو صنعت در نمایش سه بعدی مولکولی
تعداد بسیار زیادی از دانشمندان در سراسر دنیا نرم افزار PyMOL را برای مشاهده و تقسیم و آنالیز داده های مولکولی استفاده می کنند. این نرم افزار بسیار سبک و سریع می باشد و قابلیت ایجاد تصاویر با کیفیتی را دارا می باشد.
ایجاد تصاویر 3 بعدی و فیلم به سادگی
کارهای نمایش پیچیده که قبلا نیاز به دانش تخصصی داشت اکنون تنها با چند کلیک ماوس انجام می شود. کابران همچنین می توانند به سادگی فیلم هایی از فضای مولکولی ایجاد کنند و در عمق ساختار پروتئین حرکت کنند و انمیشین های جذاب و کاربردی ایجاد کنند.
سرفصل :
معرفی عنوان های فیلم آموزشی
منابع آموزشی نرم افزار PyMOL
دسترسی به source code
معرفی wiki pymol
معرفی گزینه های پنجره دستور نویسی
معرفی پنجره PyMOL Viewer
پسوند های پشتیبانی شده در PyMOL
انتخاب کردن و غیر فعال کردن
تغییر رنگ : C
دلیل استفاده از تمایز رنگ ها
برچسب زنی : labeling : L
مشخص کردن chain
مخفی کردن : Hide : H
گزینه Hide nonbonded
Hide every things
گزینه نمایش : Show
نمایش cartoon
گزینه عملیات : Action
وظیفه هر دکمه ماوس
کار دکمه چپ ماوس
کار دکمه وسط ماوس
کار دکمه سمت راست ماوس
چرخاندن مولکول
Translate مولکول
چرخاندن به هر طرفی با ماوس
گزینه Virtual track ball
مشخص کردن نقطه zoom
ناحیه نمایش وظایف هر دکمه ماوس و صفحه کلید
کار Shift و دکمه های ماوس
کار Ctrl و دکمه های ماوس
کار Ctrl+Shift و دکمه های ماوس
کار double click
انتخاب یک residue
انتخاب chain
انتخاب atom
انتخاب molecule
خارج کردن از انتخاب
تغییر مشخصه های یک selection
تغییر نام یک selection
پاک کردن selection
معرفی scene
ساخت scene
فعال کردن sequence viewer
انتخاب organic atoms
سوئیچ کردن بین scene
مشخص کرد نام برای scene
Action preset
Backbone rendering
Ligand site
Preset publication
Show surface
نمایش surface برای binding site
Selection با شرایط خاص
انتخاب اتم های با قطر بیشتر از 20 انگستروم
تغییر رنگ بر اساس secondary structure
گرینه helix sheet loop
تغییر رنگ binding site
تغییر رنگ surface
تغییر شفافیت transparency مولکول
Pymol session file
ذخیره کردن به صورت تصویر
استفاده در مقالات یا ارائه PowerPoint
ذخیره با پسوند png
افزایش کیفیت تصویر
تغییر اندازه نمایش ساختار
کدنویسی در PyMOL
آوردن راهنمای یک دستور
دستور ray
ذخیره تصویر با کدنویسی
دستور png
تغییر رنگ back ground
تغییر شفافیت background
تغییر gradient پشت صفحه
کار با تنظیمات setting کلی pymol
گزینه filter
توضیح هر گزینه setting
دستور set
قرار دادن یک تصویر دلخواه به عنوان background
تنظیم سایه shadow
حذف سایه
تغییر جهت تابش نور
تغییر mode ماوس
ساخت تصویر دینامیک
حذف گزینه های کنترلی در تصویر دینامیک
ساخت انیمشین یا movie فیلم
Scene loop
ذخیره فیلم
مشخص کردن کیفیت فیلم
گزینه Ray Trace Frame
ساخت فیلم اتوماتیک
ساخت فیلم به طور دستی
مشخص کردن طول فیلم
گزینه store with scene
نصب plugin
دستور fetch
گزینه PDB Load service
گزینه align
نمودار morph
State loop
فایلهای dynamic trajectory
دستور load_traj
دستور intra_fit
دستور smooth
ابزارهای اندازه گیری measurement
تصاویری از این نرم افزار :
پیش نمایش 1 :
پیش نمایش 2 :