خلیج‌فارس بین 24 تا 30 درجه و 30 دقیقه عرض شمالی و 48 تا 65 درجه و 30 دقیقه طول شرقی از نصف النهار گرینویچ قرار گرفته است. طول خلیج‌فارس بیش از 900 کیلومتر و میانگین پهنای آن حدود 240 کیلومتر است. عریض‌ترین قسمت آن 400 کیلومتر و كم عرض‌‌ترین نقطه آن (تنگه هرمز) حدود 56 کیلومتر است. خلیج‌فارس یک فلات قاره بوده و رسوبات بستر آن در بخش شمال و شمال غربی، گلی و در بخش جنوب شرقی، شنی می‌باشد (Sivasubramaniam, 1981).
از کل مساحت بستر خلیج‌فارس و نواحی کم عمق دریای عمان، 1/52 درصد گلی، 7/39 درصد شنی ـ گلی و2/8 درصد صخره‌ای و مرجانی برآورد شده‌است. متوسط درجه حرارت آبهای سطحی خلیج‌فارس برابر با 22 درجه سانتی‌گراد که حداکثرآن در تابستان 30 و حداقل در زمستان 15 درجه سانتی‌گراد است. شوری خلیج‌فارس به‌دلیل عمق کم آن بیشتر از سایر قسمت‌های اقیانوس هند است و در حدود 37 تا 40 قسمت در هزار می‌باشد و این مقدار در خلیج‌های کوچک ساحلی و آبگیرها به 60 تا 70 قسمت در هزار نیز می‌رسد. به علت تبخیر شدید در خلیج‌فارس و عدم تکافوی آب شیرین ورودی، جریان سطحی، آب به نسبت کم شورتر دریای عمان را از طریق بخش شمالی تنگه هرمز به خلیج‌فارس می‌رساند. به‌دلیل چگالی کم، این آب از بخش سطحی وارد خلیج‌فارس شده و حرکت این جریان بر خلاف حرکت عقربه‌های ساعت بوده و در بخش شمالی از شرق به غرب و در بخش جنوبی از غرب به شرق جریان دارد. جریان غربی ـ شرقی، شامل آب بسیار شور خلیج‌فارس است که به‌علت چگالی زیاد از عمق به دریای عمان وارد می‌شود و به‌طورکلی حالتی همانند چرخش جریان آبی دریای مدیترانه با اقیانوس اطلس دارد (Carpenter et al., 1997).
خليج‌فارس يك درياي حاشيه‌اي (Marginal sea)، نيمه بسته (Semi-enclosed) و كم عمق بوده و از طريق تنگه هرمز به درياي عمان متصل مي‌گردد. آبهاي اين خليج علاوه بر اينكه تحت تاثير شرايط محيطي اطراف خود مي‌باشد، بخشي از عوامل دريايي مربوط به آن از قبيل توازن آب، جريانهاي چرخشي معكوس دهانه خليجي، جريانهاي جز و مدي و تعادل شوري، ناشي از آبهاي درياي عمان بوده كه از طريق تنگه هرمز صورت مي‌پذيرد (Al-Majed et al., 2000).
خليج‌فارس داراي تعدادي جزاير كوچك و بزرگ مي‌باشد كه از نظر اقتصادي و جغرافیای سیاسی از اهميت بالايي برخوردار است. به‌طوركلي، مهمترين پديده هاي جغرافيايي ايران در خليج‌فارس عبارتند از: جزيره‌هاي خارك، لاوان، ابوموسي، سيري، فرود، قشم، هرمز، هنگام، تنب هاي بزرگ و كوچك، لارك، فارس، كيش، هندورابي و خور موسي مي‌باشند (نیل ساز و همکاران، 1384).
ميزان تبخير آب در خليج‌فارس به مراتب بيشتر از وروديهاي آب شيرين آن بوده به طوريكه ميانگين ميزان تبخير سالانه اين پيكره آبي 1400 ميلي‌متر در سال و وروديهاي آب شيرين آن از طريق رودخانه‌ها حدود460 ـ 150 و از طريق نزولات آسماني حدود 100-70 ميلي‌متر در سال گزارش شده است (Stephen et al., 2003).
درجه شوري خليج‌فارس كمتر از اقيانوسهاست. اگرچه به وسيله تنگه هرمز خليج‌فارس با درياي عمان و اقيانوس هند ارتباط دارد اما مقدار املاح محلول در آن به مراتب كمتر از درياهاي مزبور مي‌باشد. علت عمده اين پديده ورود مقدار زياد آب شيرين توسط رودخانه‌هاي شمال و شمال غربي است به‌طوري كه در شمال خليج‌فارس و در دهانه رودخانه اروند رود، ميزان شوري به حداقل مي‌رسد و كناره‌هاي جنوبي به دليل كمبود رودخانه و تبخير بيشتر، شورتر از كناره‌هاي شمالي مي‌باشد. عامل ديگر در پايين بودن درجه شوري خليج‌فارس، وجود تنگه هرمز است كه مانع ورود آزادانه امواج درياي عمان به خليج‌فارس مي گردد (نیل ساز و همکاران، 1384).