نرم افزار HADDOCK

بعنوان یک روش داک کردن مبتنی بر اطلاعات مدل های پیچیده بیومولکول می باشد. HADDOCK اطلاعاتش را بر اساس نواحی وجه به وجه پروتئین- پروتئین (interface Protein_Protein) و اندرکنش های مبهم پیش می برد، که در آن فعالیت خود را براساس تعریف آمینو اسید های فعال و غیر فعال در اتصال کامل می نمایدو نرم افزار HADDOCK به طور اتوماتیکی حالت توپولوژیک پروتئینهای داده شده برای داک کردن را ایجاد می کند . که پروتکل برهم کنش شامل سه مرحله می باشد :

1.بهینه سازی انرژی ساختار اسکلتی rigid-body energy minimization و

2.تغییرات دوباره در حالت نیمه انعطاف پذیر در فضاهای بین زوایای

Torsion semi flexible refinement in torsion angle space

3 . تغییرات نهایی در محلول اطرافش است final refinement in explicit solvent و بعد از این مراحل ساختارها رده بندی می شوند و بهترین ساختار در کلاستر اول طبقه بندی می شود.

دیدگاه‌ خود را بنویسید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد.